Per qualsiasi informazione o dubbio, non esitate a contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

Se interessati, compilare ed inviare il form per l’applicazione. Nel form si dovrà indicare il/i progetto/i di interesse, il tipo di laurea (triennale o magistrale), le motivazioni della scelta e le eventuali competenze possedute.
Nota bene: la maggior parte dei progetti è aperta anche a studenti senza competenze pregresse specifiche; non esitate quindi a segnalare l’assenza di determinate skill, se motivate dal desiderio di acquisirle durante il tirocinio.

A seguito della richiesta, verrà fissato un incontro per un breve colloquio conoscitivo.

Di seguito sono elencate le proposte attualmente disponibili. Le date di inizio sono indicative. Se “tipo di tirocinio” comprende più voci significa che il progetto può essere affrontato da diverse prospettive, ma NON che il/la candidato/a debba necessariamente coprirle tutte. La scelta del taglio specifico sarà oggetto di discussione, tenendo conto degli interessi e delle motivazioni emerse in fase di colloquio.

Sono inoltre benvenute proposte di tesi formulate dagli studenti, la cui fattibilità sarà discussa e approfondita nel corso del colloquio. Applica qui con le tue idee.

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Sviluppo pipeline per mass-screening in silico di proteine che interagiscono con una molecola

Progettazione e sviluppo di ProteinSearch, una pipeline per automatizzare la ricerca delle proteine per una determinata molecola in silico. Per maggiori informazioni contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

  • Periodo del progetto: Dal 01/12/2025
  • Tesista: Magistrale
  • Tipo di tirocinio: Computazionale
  • Skill richieste: Conoscenza base di bash e python. Gradita conoscenza di pymol.
  • Skill acquisite: Sviluppo di pipeline e tool bioinformatici

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Sviluppo pipeline per mass-screening in silico di ligandi per proteine

Progettazione e sviluppo di LigMS, una pipeline per automatizzare la ricerca di ligandi per una proteina in silico. Per maggiori informazioni contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

  • Periodo del progetto: Dal 01/12/2025
  • Tesista: Magistrale
  • Tipo di tirocinio: Computazionale
  • Skill richieste: Conoscenza base di bash e python. Gradita conoscenza di pymol.
  • Skill acquisite: Sviluppo di pipeline e tool bioinformatici

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Sviluppo di un tool bioinformatico per lo studio dell'evoluzione

Progettazione e sviluppo di consequence, un tool bioinformatico pensato per rendere semplice e accessibile l’esecuzione di analisi filogenetiche di alta qualità. Per maggiori informazioni fare riferimento a consequence o contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

  • Periodo del progetto: ASAP
  • Tesista: Triennale/Magistrale
  • Tipo di tirocinio: Computazionale
  • Skill richieste: Nessuna. Gradita conoscenza di python e bash
  • Skill acquisite: Sviluppo di pipeline e tool bioinformatici

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Modello di sopravvivenza di Drosophila suzukii in relazione all'infezione di Wolbachia

Costruzione di modelli di sopravvivenza per stimare l’effetto dell’infezione da Wolbachia sulla capacità di D. suzukii di sopravvivere allo svernamento. Per maggiori informazioni fare riferimento a WICKED o contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

  • Periodo del progetto: Dal 01/04/2026
  • Tesista: Magistrale
  • Tipo di tirocinio: Laboratorio e/o Computazionale
  • Skill richieste: Nessuna. L’eventuale conoscenza di gestione degli insetti, PCR, programmazione in R e/o statistica è gradita ma non necessaria
  • Skill acquisite: Apprendimento del processo di sviluppo di un modello biostatistico e di analisi biostatistica
  • Articoli associati:
    • Perlmutter, J. I., Atadurdyyeva, A., Schedl, M. E., & Unckless, R. L. (2025). Wolbachia enhances the survival of Drosophila infected with fungal pathogens. BMC biology, 23(1), 42. https://doi.org/10.1186/s12915-025-02130-0 
    • Adonyeva, N. V., Efimov, V. M., & Gruntenko, N. E. (2023). The Effect of Genotype Combinations of Wolbachia and Its Drosophila melanogaster Host on Fertility, Developmental Rate and Heat Stress Resistance of Flies. Insects, 14(12), 928. https://doi.org/10.3390/insects14120928
    • Ross, P. A., Endersby, N. M., & Hoffmann, A. A. (2016). Costs of Three Wolbachia Infections on the Survival of Aedes aegypti Larvae under Starvation Conditions. PLoS neglected tropical diseases, 10(1), e0004320. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0004320

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Analisi di espressione genica differenziale e di metatrascrittomica di Drosophila suzukii in relazione all'infezione di Wolbachia

Realizzazione e analisi di esperimenti RNAseq per investigare l’impatto dell’infezione da Wolbachia sull’espressione genica e sul microbiota di D. suzukii. Per maggiori informazioni fare riferimento a WICKED o contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

  • Periodo del progetto: Dal 01/04/2026
  • Tesista: Magistrale
  • Tipo di tirocinio: Laboratorio e/o Computazionale
  • Skill richieste: Per la parte wet è richiesta manualità con strumenti da laboratorio; gradite esperienze in estrazione di acidi nucleici. Per la parte computazionale è richiesta la conoscenza di R; gradite conoscenze di bash e pipeline nf-core.
  • Skill acquisite: Lato wet: estrazione RNA, rRNA depletion, RT-PCR/dPCR. Lato computazionale: uso di HPC, scripting bash, analisi di espressione genica differenziale e metatrascrittomica
  • Articoli associati:
    • Enriquez, T., & Colinet, H. (2019). Cold acclimation triggers major transcriptional changes in Drosophila suzukii. BMC genomics, 20(1), 413. https://doi.org/10.1186/s12864-019-5745-7
    • Plantamp, C., Henri, H., Andrieux, T., Régis, C., Mialdea, G., Dray, S., Gibert, P., & Desouhant, E. (2019). Phenotypic plasticity in the invasive pest Drosophila suzukii: activity rhythms and gene expression in response to temperature. The Journal of experimental biology, 222(Pt 14), jeb199398. https://doi.org/10.1242/jeb.199398
    • Shearer, P. W., West, J. D., Walton, V. M., Brown, P. H., Svetec, N., & Chiu, J. C. (2016). Seasonal cues induce phenotypic plasticity of Drosophila suzukii to enhance winter survival. BMC ecology, 16, 11. https://doi.org/10.1186/s12898-016-0070-3
    • Martinez-Sañudo, I., Simonato, M., Squartini, A., Mori, N., Marri, L., & Mazzon, L. (2018). Metagenomic analysis reveals changes of the Drosophila suzukii microbiota in the newly colonized regions. Insect science, 25(5), 833–846. https://doi.org/10.1111/1744-7917.12458

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Caratterizzazione strutturale dei fattori di Wolbachia che inducono la manipolazione riproduttiva

Studio delle basi strutturali del malfunzionamento dei fattori di Wolbachia in wSuz, mediante esperimenti di pull-down e cristallografia. L’obiettivo è chiarire le eventuali anomalie conformazionali legate alla mancata manipolazione riproduttiva di wSuz. Per maggiori informazioni fare riferimento a WICKED o contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

  • Periodo del progetto: Dal 01/12/2025
  • Tesista: Magistrale
  • Tipo di tirocinio: Laboratorio e/o Computazionale
  • Skill richieste: Per la parte wet è richiesta manualità con strumenti da laboratorio; gradite esperienze in estrazione di acidi nucleici. Per la parte computazionale è richiesta la conoscenza di bash
  • Skill acquisite: Lato wet: produzione di proteine ricombinanti, pull-down, cristallografia. Lato computazionale: uso di HPC, scripting bash, simulazioni di dinamiche molecolari
  • Articoli associati:
    • Wang, H., et al. (2022). Crystal Structures of Wolbachia CidA and CidB Reveal Determinants of Bacteria-induced Cytoplasmic Incompatibility and Rescue. Nature Communications, 13(1), 1608. https://doi.org/10.1038/s41467-022-29273-w
    • Cattel, J., et al. (2018). Back and forth Wolbachia transfers reveal efficient strains to control spotted wing drosophila populations. Journal of Applied Ecology, 55(5), 2408-2418. https://doi.org/10.1111/1365-2664.13101

In collaborazione con: The Armenise-Harvard Laboratory of Structural Biology – Prof. Federico Forneris

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Modello di prevalenza di Wolbachia in Drosophila suzukii

Sviluppo di un modello statistico per stimare la variazione della prevalenza di Wolbachia in popolazioni naturali di D. suzukii in funzione di fattori ambientali e trofici. Per maggiori informazioni fare riferimento a WICKED o contattare riccardo.piccinno@unipv.it.

  • Periodo del progetto: Dal 02/02/2026
  • Tesista: Triennale
  • Tipo di tirocinio: Laboratorio e/o Computazionale
  • Skill richieste: Nessuna. L’eventuale conoscenza di PCR, programmazione in R e/o statistica è gradita ma non necessaria.
  • Skill acquisite: Apprendimento del processo di sviluppo di un modello biostatistico e di analisi biostatistica
  • Articoli associati:
    • Wiman, N. G., Dalton, D. T., Anfora, G., Biondi, A., Chiu, J. C., Daane, K. M., Gerdeman, B., Gottardello, A., Hamby, K. A., Isaacs, R., Grassi, A., Ioriatti, C., Lee, J. C., Miller, B., Stacconi, M. V., Shearer, P. W., Tanigoshi, L., Wang, X., & Walton, V. M. (2016). Drosophila suzukii population response to environment and management strategies. Journal of pest science, 89, 653–665. https://doi.org/10.1007/s10340-016-0757-4
    • McPherson, A. E., Abram, P. K., Curtis, C. I., Wannop, E. R., Dudzic, J. P., & Perlman, S. J. (2023). Dynamic changes in Wolbachia infection over a single generation of Drosophila suzukii, across a wide range of resource availability. Ecology and evolution, 13(11), e10722. https://doi.org/10.1002/ece3.10722
    • Auguste, A., Ris, N., Belgaidi, Z., Kremmer, L., Mouton, L., & Fauvergue, X. (2024). Insect population dynamics under Wolbachia-induced cytoplasmic incompatibility: Puzzle more than buzz in Drosophila suzukii. PloS one, 19(3), e0300248. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0300248

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